In klas 9 krijgen de leerlingen profielkeuzelessen om zich voor te bereiden op de keuze voor hun examenpakket en zich goed te oriënteren op een mogelijke vervolgstudie. De leerlingen ontvangen in klas 9 (vmbo-t) of klas 10 (havo en vwo) het PTA (Programma van Toetsing en Afsluiting). Dit is een document waarin per vak precies omschreven staat welke onderdelen getoetst worden en hoe deze meetellen voor het schoolexamencijfer (SE). In het examenjaar wordt het PTA afgerond. Naast de examengerichte afronding van de vakken blijft er op het Novalis College veel ruimte voor de algemene ontwikkeling via het hoofdonderwijs, de stages, de werkweken en de cultuurreis. Vanaf klas 10 hebben de leerlingen les in hun eigen profiel. Daarnaast volgen de leerlingen hoofdonderwijs als onderdeel van het specifieke vrijeschoolcurriculum. Leerlingen van vmbo-t doen examen in klas 10. De leerlingen stromen daarna uit naar het mbo of zij kunnen doorstromen – via een speciaal voorbereidingsprogramma – naar havo. De leerlingen van havo doen examen in klas 11 en de leerlingen van vwo in klas 12.